सरकारले राष्ट्रिय आविष्कार केन्द्र नेपाललाई विभिन्न दुई पुरस्कार दिएको छ। केन्द्रलाई शिक्षा, विज्ञान तथा प्रबिधि मन्त्रालयले डा. डिल्लीरमण रेग्मी राष्ट्रिय शान्ति पुरस्कार २०७७ र संस्कृति, पर्यटन तथा नागरिक उड्ययन मन्त्रालयले पुष्पलाल राष्ट्रिय पुरस्कार प्रदान गरेको हो।

दुवै पुरस्कारको राशी एक/एक लाख रुपैयाँ रहेको छ। पुरस्कार प्राप्त भएसँगै केन्द्रका संस्थापक महावीर पुनले सरकारलाई धन्यवाद दिँदै केन्द्रमा कार्यरत अनुसन्धानकर्ताहरूको मनोबल उच्च भएको उल्लेख गरेका छन्। 

प्रसिद्ध रोमन म्यागसेसे पुरस्कार विजेता पुनले सन् २०१२ मा राष्ट्रिय आविष्कार केन्द्र खोलेका थिए। त्यसयता उनले लगातार सरकारसँग सहयोगका लागि आग्रह गरिरहेका थिए।