केही समयअघि राष्ट्रिय मानव अधिकार आयोगमा भएको पदाधिकारीहरूको नियुक्तिले गर्दा आयोगको स्वायत्तता र स्वतन्त्रता सम्बन्धमा स्वदेश तथा विदेशमा प्रश्नहरू उठे।
आयोग समेतको समग्र संवैधानिक नियुक्तिविरुद्ध सम्मानित सर्वोच्च अदालतमा र अन्तर्राष्ट्रिय निकायमा उजुरी समेत परेको अवस्था छ।
राष्ट्रिय मानव अधिकार आयोगहरू (आयोग) कानूनी हैसियतमा नै शक्तिशाली र स्वतन्त्र हुन्छन्, न कि संवैधानिक हैसियतमा।
संवैधानिक निकायहरू राज्यको अंग वा निकायका रूपमा रहन्छन् भन्ने एकदम सामान्य व्याख्या हो। जसलाई विश्वभरका मानव अधिकारका प्राज्ञहरूले कुनै न कुनै रूपमा स्वीकार गरेकै छन्। तर नेपालमा यसलाई स्वीकार गरिएन।
हाल आयोगमा भएको नियुक्तिले संवैधानिक आयोगको हैसियत रहँदारहँदै पनि नियुक्ति असंवैधानिक भएको भन्ने मानव अधिकारकर्मी, राजनैतिक दल र अन्तर्राष्ट्रिय संस्थाहरूको दाबीले कतै आयोगले सरकारको प्रतिरक्षामा कार्य गर्ने त होइन भन्ने आशंका पनि मानव अधिकार समुदायभित्र रहेको पाइन्छ।
